PMII Komisariat Sunan Kalijaga Malang Membawahi 6 rayon yang merupakan organisasi PMII di tingkatan Fakultas. Ke-Enam rayon tersebut antara lain:
Rayon Al-Maturidzi (Fakultas Sastra)
Rayon Al-Biruni (Fakultas Ilmu Sosial)
Rayon Al-Haddad (Fakultas Teknik)
Rayon Al-Ghazali (Fakultas Ilmu Pendidikan)
Rayon Ibnu Sina (Fakultas MIPA)
Rayon Ibnu Khaldun (Fakultas Ekonomi)
Pembentukan Rayon-rayon ini dimaksudkan untuk meningkatkan efektifitas proses kaderisasi & pembelajaran dalam tubuh PMII. Selain itu untuk lebih meningkatkan kualitas intelektual kader, PMII Komisariat Sunan Kalijaga Malang membentuk badan-badan fungsional/lembaga semi otonom yang merupakan wadah bagi kader untuk beraktualisais diri. Kader PMII diberi kebebasan untuk memilih sesuai bakat & minat masing-masing. Badan fungsional/badan semi otonom dibawah PMII LIGA Malang